雖有缺點但仍有可能成為未來戰場上的“火力放大器”
和其他武器裝備各有優缺點一樣，貨櫃武器也並非全是優點。
隨著研發、使用進程的推進，該類武器裝備的發展也揭露出一些問題。
既要相對獨立也要考慮與平台相容，使其成本增加。貨櫃武器的特點之一是“易於移植”“即插即用”，因此對其作戰的獨立性要求較高。這一點，決定了貨櫃要集納的設備較多。而且，對武器性能的要求越高，需要整合的軟硬體設備就越多，「螺螄殼裡做道場」的結果，春藥
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反映在成本上，投入就會相應增加。尤其是要達到彼此之間具有聯網能力甚至融入更高層面體系的水平，成本還會持續攀升。
貨櫃武器體積較大，會影響船甲板利用效率。對於搭載到船甲板上的貨櫃武器來說，它能為船艦提供額外的火力或防護力，但同時，貨櫃的體積較大，會佔據一定的甲板面積，而且通常較重，這種對甲板空間的擠佔，可能會影響船上其他武器裝備如戰機的運用。
可能引發戰爭倫理問題。雖然貨櫃武器雖然可以藉助混跡於民用貨櫃中，增強自身的生存力和攻擊突然性，並使對方的打擊如同“拆盲盒”那樣失去針對性，但是這種“混跡”，也可能招致對集裝箱的無差別打擊，進而殃及一些住在貨櫃屋內的平民，產生戰爭倫理問題。
貨櫃武器的防護力較弱。對一些裝甲運輸車來說，強調「肚大能容」的另一面，就是防護力欠缺。貨櫃武器也存在這方面的問題。雖然有些貨櫃武器可以加掛裝甲，但這種措施有一定限制，面對一些大威力彈藥時，幾乎形同虛設。這些問題，會在一定程度上影響貨櫃乖乖水
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武器的發展。
即使如此，貨櫃武器目前仍保持著快速發展的勢頭。憑藉其便於運輸、不挑「坐騎」、成本較低等特點，仍有可能成為未來戰場上的「火力放大器」。
