圍繞三大爭議焦點激辯
此後，搜狗公司和兩百度公司圍繞著三大爭議焦點進行了激烈的辯論。
第一，百度輸入法軟體是否落入涉案專利權保護範圍？
搜狗公司認為，自己是“一種用戶詞參與智能組詞輸入的方法及一種輸入法系統”發明專利的專利權人，該專利權利要求的主題名稱是“一種建立用戶多元庫的方法” ，百度輸入法軟體具有相同的技術特徵。一審法院也錯誤解釋了專利權利要求中「具有相鄰關係的使用者字詞對」的技術特徵，搜狗公司提供的實驗測試結果顯示，百度輸入法軟體不只儲存了整詞，也儲存了二元詞對，並在組詞過程中調用了二元詞對。
至於「所述用戶字詞對在所述用戶輸入時相鄰出現的機率」這句話的理解，搜狗公司認為機率是可能性，在觀察次數充分大的情況下，可以把頻次作為機率。所以，從詞出現的可能性角度來說，「詞頻」和「機率」屬於等同的技術特徵。
兩百度公司認為，一審法院認定事實清楚，百度輸入法軟體儲存的是整詞，不儲存有鄰近關係的使用者字詞對，屈臣氏春藥館
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催情水不存在使用者多元庫，其是一種建立使用者詞庫的方法。
專利中所述的機率指的是用戶二元庫中儲存用戶字詞對在用戶輸入時相鄰出現的機率，並且該機率的計算方式是T(A,B)/SUMBI,而不是泛指所有機率。百度輸入法軟體僅統計了使用者字被輸入的次數，沒有統計使用者字出現的機率。「詞頻」與「機率」屬於既不相同也不等同的技術手段。
第二，一審法院的舉證責任分配是否合理？
搜狗公司認為，其在法庭上的實驗測試結果表明，百度輸入法軟體不只存儲了整詞，也存儲了二元詞對，並在組詞中調用了二元詞對，所以搜狗公司已經從百度輸入法軟體的操作現象和功能上證明了百度輸入法軟體實現了涉案專利所實現的技術效果，舉證責任應轉移至兩百度公司。現在，兩百度公司沒有提交證據證明百度輸入法軟體採用了不同於涉案專利保護的技術方案去實現專利所要實現的技術效果，應當承擔不利法律後果。
兩百度公司認為，其針對搜狗公司的每一個實驗都有反駁和實驗，也提供了驗證實驗和源代碼以證實百度輸入法軟體沒有落入涉案專利權保護範圍，已經盡己所能舉出了所有證據，搜狗公司的主張不能成立。
第三，一審法院是否妨礙了搜狗公司舉證質證權利？
搜狗公司認為，一審中，兩百度公司以涉及技術秘密為由要求不公開審理，法院不經審查該主張是否成立，便徑直按照兩百度公司要求，在訴訟過程中，僅限搜狗公司代理人當庭閱看兩百度公司提供的證據、反駁實驗及具體反駁理由，不允許搜狗公司員工以及技術人員閱讀《百度輸入法用戶庫實現方式及抗辯理由說明》等，以致搜狗公司難以完全理解兩百度公司提供的證據、反證實驗及具體反駁理由。
在對百度輸入法軟體程式原始碼進行勘驗時，一審法院只允許搜狗公司委託的律師事務所員工以委託訴訟代理人或專家輔助人身份在短時間內觀看被上訴人的演示，不允許搜狗公司員工(以專家輔助人身分)觀看演示，嚴重損害了搜狗公司對證據的質證權利和針對性地對兩百度公司主張進行反駁的權利。
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限制了搜狗公司獲知兩百度公司提供證據的權利。
兩百度公司則認為，其相關抗辯意見及說明包含百度輸入法軟體的設計理念及實現方式，一審法院已給予搜狗公司足夠的時間和機會對相關資料進行閱看，對相關證據進行質證。
同時，原始碼勘驗是在法官、技術調查官、鑑定專家及搜狗公司、兩百度公司都在場的情況下進行的。百度輸入法軟體原始碼涉及兩百度公司的核心商業機密，一審法院認為不應直接披露給搜狗公司，但一審法院給予搜狗公司足夠的時間對百度輸入法軟體的實現方式進行閱看和研究，搜狗公司完全有機會和時間對百度輸入法軟體原始碼勘驗發表質證意見，所以，搜狗公司相關質證權利受到損害的主張不能成立。
