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對阿米巴病的診斷，除根據患者的主訴、病史和臨床表現作為診斷依據外，重要的是病原學診斷，糞便中檢查到阿米巴病原體為惟一可靠的診斷依據。 通常以查到大滋養體者作為現症患者，而查到小滋養體或包囊者只作為感染者。
（一）診斷
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1.臨床表現 起病緩慢，癥狀較輕，腹瀉次數少，暗紅色呈醬樣糞便等應考慮本病。
2.糞便檢查 顯微鏡下檢出溶組織阿米巴為確診重要依據。 血性粘液稀便易找到滋養體、糞質部分易找到包囊。
3.乙狀結腸鏡檢查 可見大小不等的散在潛形潰瘍、邊緣略隆起、紅暈、潰瘍間粘膜大多正常。 自潰瘍面刮取標本鏡檢，發現病原體機會較多。
4.X線鋇劑灌腸檢查 對腸道狹窄、阿米巴瘤有一定價值。
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5.血清學檢查 可用阿米巴純抗原檢測特異性抗體，當體內有侵襲性病變時方形成抗體，包囊攜帶者抗體檢測為陰性。 常用間接血凝、ELISA、間接螢光抗體、對流免疫電泳、瓊脂擴散沉澱試驗等。
（二）鑒別診斷
本病應與細菌性痢疾。 日本血吸蟲病、蘭氏賈第鞭毛蟲病、腸結核、非特異性潰瘍性結腸炎相鑒別。 阿米巴肝膿腫應與膈下膿腫、原發性肝癌、肝囊炎膽石症鑒別。
阿米巴包囊進入消化道后，於小腸下段被胰蛋白?等消
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化液消化，蟲體脫囊逸出，並反覆分裂形成多數小滋養體，寄居於回盲腸、結腸等部位，健康宿主中小滋養體隨糞便下移，至乙狀結腸以下則變為包囊排出體外，並不致病。 在適宜條件下，如機體胃腸功能降低; 某些細菌提供遊離基因樣因數，增強滋養的毒力; 滋養體釋放溶?體?、透明質酸?、蛋白水解?等並依靠其偽足的機械活動，侵入腸粘膜，破壞組織形成小膿腫及潛形（燒杯狀）潰瘍，造成廣泛組織破壞可深達肌層 ，大滋養體隨壞死物質及血液由腸道排出，呈現痢疾樣癥狀。 在慢性病變中，粘膜上皮增生，潰瘍底部形成肉芽組織，潰瘍周圍見纖維組織增生肥大，形成腸阿米巴病。 滋養體亦可進入腸壁靜脈、經門脈或淋巴管進入肝臟，引起肝內小靜脈栓塞及其周圍炎，肝實質壞死、形成肝內膿腫，以右葉為多。 並可以栓子形式流入肺、腦等，形成遷徙性膿腫。 腸道滋養體亦可直接蔓延及周圍組織，形成直腸陰道瘺或皮膚與粘膜潰瘍等各種病變。 個別病例可造成腸出血、腸穿孔或者併發腹膜炎、蘭尾炎。
顯微鏡下可見組織壞死為其主要病變，淋巴細胞及少量中性粒細胞浸潤。 若細菌感染嚴重，可呈急性瀰漫性炎症改變，更多炎細胞浸潤及水腫、壞死改變。 病損部位可見多個阿米巴滋養體，大多聚集在潰瘍的邊緣部位。
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伏期平均1∼2周(4日至?月)，?床表?有不同?型。
(一)?症?型(包囊??者) 此型?床常不出?症?，多??????阿米巴包囊。
(二)普通型 起病多?慢，全身中毒症??，常???，腹痛?微，腹?，每日便次多在10次左右，量中等，?血和粘液，血与坏死??混合均?呈果??，具有腐?腥臭味，含痢疾阿米巴滋?体与大量??胞成堆，?其特征之一。病?部位低可有里急后重感。腹部?痛以右??主。以上症?可自行?解。亦可因治?不?底而复?。